JVCケンウッドのサポセンとやり取りしていた、Z904の映像外部出力不具合の件が完結しました。
まとめると以下のとおり。


ということで結論としては、残念ながら修理やファーム更新による修正は不可能ということになりました。
ただ、JVCケンウッドのサポートの方には、いろいろと調査回答いただいて感謝しております。
ありがとうございました。

今回いろいろと調べた結果、参照フレーム数が原因で映像を正常に再生できない事例は、ナビだけでなく様々な機器において、チラホラと発生しているようですね。
これまで、動画なんて見れればいいとばかりに無頓着にエンコードしていましたが、PCやスマホ以外の機器で再生させる場合には、もう少し互換性について気を使ってやる必要があるということを理解しました。

USBメモリに入れてある車両用のメディアは、とりあえず全部再エンコード終わりました。
未だ現役でx264エンコードをサクサクこなすCore i7 2600k万歳（ぇ